در اوایل دهه ۱۹۹۰ پژوهشگران مطالعات منطقه‌ای، جغرافی‌دانان اقتصادی و سیاستگذاران توسعه منطقه‌ای، مفهوم نظام نوآوری منطقه‌ای (RIS:Regional Innovation System) را به‌منظور درک فرایندهای نوآوری در اقتصادهای منطقه‌ای، ارائه کردند. از این مفهوم تعاریف متفاوت و متنوعی شکل گرفته ولی به‌صورت کلی می‌توان گفت که نظام نوآوری منطقه‌ای مجموعه‌ای نظام‌مند از ذی‌نفعان و ذی‌مدخلان بخش‌های عمومی و خصوصی و نهادهای رسمی و غیررسمی است که به‌صورت هدفمند و هماهنگ به انتشار نوآوری در ساختار تولیدی یک منطقه می‌پردازند. در سال‌های اخیر رقابت بین کشورها در اقتصاد جهانی و همچنین ضعف سیاست‌ها و الگوهای قبلی توسعه اقتصاد محلی و منطقه‌ای، سیاستگذاران را ترغیب به ارائه راه حلی نوین کرد. از طرف دیگر توسعه خوشه‌ها و مناطق صنعتی موفق در بسیاری از نقاط جهان که بر پایه نوآوری رشد یافته بودند، سبب شد تا مفهوم نظام نوآوری منطقه‌ای از جایگاه ویژه‌ای برخوردار شده و تمایل فزاینده‌ای نسبت به آن در دانشگاه‌ها و مراکز سیاستگذاری کشورهای مختلف ایجاد گردد. توجه این رویکرد به ابعاد غیرملموس توسعه اقتصادهای محلی و فرایندهای یادگیری و جابه‌جایی و انتشار دانش در داخل و بین مناطق، از دیگر دلایل روی آوردن به این مفهوم بوده است. گرایش به سیاست‌های نوآوری با تمرکز منطقه‌ای نه‌تنها در کشورهایی با نظامات فدرال و منطقه‌گرا نظیر ایتالیا و آلمان، بلکه در کشورهای دارای نظام تصمیم‌گیری متمرکز و سنتی، نظیر فرانسه و انگلستان و ژاپن نیز رو به افزایش است.
در ایران و در طی سال‌های قبل و بعد از انقلاب، توسعه نامتوازن محلی و منطقه‌ای و سیستم متمرکز تصمیم‌گیری سبب تمرکز منابع، جمعیت و امکانات در پهنه‌های مشخصی از کشور شده و تبعاتی همچون حاشیه‌نشینی، بیکاری، مصرف‌گرایی، آلودگی (بصری، صوتی و هوا)، تغییر کاربری اراضی، زمین‌خواری و در یک جمله کالایی شدن فضا را در بر داشته است. این الگوی و برداشت از توسعه در جهت استفاده از توان تمامی مناطق کشور و عبور از اقتصاد تک‌محصولی، نیازمند تغییر است. با این دید، نظام نوآوری منطقه‌ای می‌تواند کمک کننده باشد. نظام‌های نوآوری منطقه‌ای از جهت حرکت قوی مناطق در ایجاد نوآوری و دستیابی به اهداف سیاست‌های نوآوری ملی، افزایش بهره‌وری بنگاه‌ها در منطقه و درنتیجه بهبود رقابت‌پذیری اقتصادی کل کشور، دارای اهمیت زیادی هستند. به‌عنوان‌مثال نزدیکی فیزیکی بنگاه‌ها و کاهش هزینه‌ها و شبکه‌سازی منطقه‌ای برای اشتراک و سرریز دانش دو فایده مهم خوشه‌های منطقه‌ای هستند که از عوامل کلیدی نظام‌های نوآوری منطقه‌ای به شمار می‌روند.